آن زعیم عالیقدر در جریان نهضت فداییان اسلام، یار و همراه پدر بود، در پناه دادن و رهبری آن مجاهدان شهید. اکنون اسنادی از فداییان اسلام در خاندان صدر موجود است که نشان می دهد شهید نواب صفوی و یارانش در همه امور مرحوم آیت الله العظمی سیدالدین صدر، پدر امام موسی صدر، را رهبر خود میدانستند.

اما در لبنان روحیه جهادی، ثقافی و فرهنگی که داشت پس آنکه مراتب عالی اجتهاد و تقوا را در قم و نجف پشت سر گذاشت و با اشاره های مرحوم آیت الله العظمی بروجردی، خطه لبنان را به دلیل تعلق خاطر خانوادگی و تاثیر بیشتر برای توسعه و تبلیغ فرهنگ اهل بیت علیهم السلامانتخاب نمودو به دنبال رحلت آیت الله مجاهد سید عبدالحسین شرف الدین، پیشوای وقت شیعیان لبنان، که از نزدیکان و اقوام او بود، در سال 1338 به لبنان هجرت نمود و مسئولیت رهبری شیعیان لبنان را بر عهده گرفت و شتابان با نام "امام موسی صدر” آوازه اش در تمام لبنان و سایر بلاد پیچید.
امام موسی صدر توانست اختلافات داخلی لبنان را به کمترین حد ممکن تنزل دهد و یکپارچگی و وحدت نسبی بین گرئههای معارض لبنانی را سامان بخشد. امام موسی صدر در تاریخ 3 شهریور 1357 به دعوت معمر قذافی دیکتاتور خود شیفته لیبی وارد لیبی و از روز 9 شهریور ماه همان سال تا کنون هیچ اطلاعاتی از سرنوشت ایشان وجود ندارد.
در طول این سالها، اخبار ضد و نقیضی نسبت به زنده بودن یا شهادت این مجتهد عالیقدر منتشر شده و البته دست نشاندگان قذافی، مدعی بودند ایشان از لیبی خارج شده و به ایتالیا رفته است اما به دنبال سقوط رژیم قذافی، عبدالرحمن غویله، سرهنگ سابق اداره گذرنامه لیبی که پیش از این در پاسخ به قاضی تحقیق ایتالیایی مدعی شده بود که گذرنامه امام موسی صدر و دو همراهش را دریافت کرده و مهر زده و آنان از لیبی خارج شده اند، در مصاحبه با شبکه تلویزیونی الجزیره، اظهارات سابق خود را تکذیب کرد و گفت: آن روزها با تهدید و ارعاب از من خواستند که بگویم گذرنامه را مهر زده ام، من هم به این ذلت تن دادم و شش سالی را نیز پس از آن مرا به زندان انداختند، ولی امروز دیگر از قذافی ترسی ندارم. نه، من تا کنون امام موسی صدر را دیده ام و نه گذرنامه او را مهر کرده ام.

برخی مقامات پیشین لیبیایی نیز در گفتگوهایی مدعی شدند امام موسی صدر در جریان نزاع لفظی که بین ایشان و دیکتایور لیبی رخ داد جانانه در برابر وقاحت های آن عنصر کثیف ایستاد و دیکتاتور که نمی توانست شاهد این منطق رسا باشد، تصمیم گرفت او را به شهادت برساند و این کار را نیز انجام داد.

گذرنامه سیاسی امام موسی صدر که در حقیقت آخرین نشانه رسمی از ایشان است و توسط معارضان حکومت قذافی به رسانه ها تحویل شد.

با توجه به گذشت نزدیک به 33 سال از ربودن امام موسی صدر، تحلیل ها، و نظرها و اخبار مختلفی در مورد زندگی و شهادت ایشان منتشر گردیده اما مع الاسف با تمام امیدی که به زنده بودن آن مجتهد عالی قدر داریم، نشانه های دال بر زنده بودن ایشان، هیچ کدام اثری نبخشیده است.